پژوهشکده به هر کدام از بخش‌های یک پژوهشگاه که در زمینه یا رشته ویژه‌ای پژوهش کرده و کار بر روی موضوع و رشته ویژه‌ای را دنبال می‌کنند گفته می‌شود. همانگونه که دانشکده زیرشاخه‌ای از یک دانشگاه است پژوهشکده نیز زیرشاخه‌ای از یک پژوهشگاه به شمار می‌رود. به شکل کلی پژوهشکده یک پیکره سازمانی است که برای هدفی خاص ایجاد شده است. در این حالت پژوهشکده می‌تواند از سوی یک دانشگاه، سازمان و... ایجاد شود.
پژوهشکده یا واحد پژوهشی دانشگاهی
در صورتی که حدود فعالیت‌های پژوهشی دانشگاه از سطح یک دانشکده، فراتر باشد و ایجاد موسسه‌ای در دانشگاه یا به صورت مستقل ضرورت یابد، پژوهشکده باشرایط زیر تأسیس می‌گردد: الف: فعالیت‌های تحقیقاتی پژوهشکده در زمینه‌های بنیادی، کاربردی یا توسعه‌ای و منطبق بر نیازهای اساسی کشور خواهد بود و پژوهشکده در یک رشته مشخص یا به صورت میان رشته‌ای می‌تواند در هر یک از زمینه‌های فوق تشکیل گردد. ب: داشتن حداقل 3 گروه پژوهشی ج: داشتن امکانات و تجهیزات مستقل برای امور تحقیقاتی - پژوهشکده، از نظر مالی، مستقل و از نظر اداری، مشابه یک دانشکده خواهد بود. - عناوین زیر، معادل پژوهشکده خواهد بود: الف: مرکز تحقیقاتی ب: مؤسسه تحقیقاتی (پژوهشی) - هر گاه سطح فعالیت تحقیقاتی در موسسات و مراکزی که عنوان دانشگاه ندارند معادل پژوهشکده باشد، می‌توانند نسبت به تأسیس پژوهشکده، (نظیر مرکز و مؤسسه تحقیقاتی) اقدام نمایند. اینگونه موسسات می‌توانند به ارائه دوره کارشناسی ارشد و دکترای پژوهشی در صورت داشتن شرایط و ضوابط آموزشی و پژوهشی مصوب با همکاری و تحت نظارت دانشگاه‌ها اقدام کنند.
- واحد پژوهشی نوع1: دانشگاه با مأمور کردن برخی از اعضای هیئت علمی آموزشی (به صورتی که بیش از 6 واحد درسی در ترم ارائه نکنند) یا جذب هیئت علمی پژوهشی، نهاد جدیدی را در دانشگاه راه اندازی می‌کند (امکانات اولیه را تخصیص می‌دهد) این واحد پژوهشی باید در زمینه‌های تخصصی و با هدف و رسالتی مشخص و محدود در گروه‌های پژوهشی خود فعالیت نماید. نیاز ضروری به انجام پژوهش برای کشور در موضوع فعالیت آن واحد پژوهشی، توسط معاونت پژوهشی وزارت علوم تأیید می‌شود. طبعاً موضوع فعالیت واحد پژوهشی نمی‌تواند عناوین گروه‌ها و دانشکده‌های آموزشی باشد. به ازاء هر گروه پژوهشی سه نفر استادیار شامل یکنفر پژوهشگر شاخص و دارای سابقه علمی برجسته در موضوع ضروری است. واحدهای پژوهشی نوع 1 به علت نداشتن تقاضا در موضوع پژوهش و نیز تشخیص دولت در نیاز به انجام پژوهش در موضوع عمدتاً متکی به منابع مالی دولتی فعالیت می‌کنند و به همین دلیل باید دارای رسالتی بسیار مشخص و محدود و نیز دارای هیئت علمی پژوهشی تمام وقت برای واحد پژوهشی یا مأمور به آنجا باشند. اگر این واحد پژوهشی در 1 یا 2 سال پس از اخذ موافقت اصولی خود و 2 سال پس از اخذ موافقت قطعی خود در ارزیابی‌های وزارت علوم به رتبه‌های بالا دست یافت، توسط وزارت علوم برای اخذ زدیف اعتباری به سازمان مدیریت معرفی می‌شود.
- واحد پژوهشی نوع2: تعدادی از اعضای هیئت علمی دانشگاه به عنوان فعالیت دوم خویش مایل هستند که واحد پژوهشی ایجاد کنند و در زمینه تخصصی خود به جامعه خدمت کنند. گذشته از حمایتهای مالی راه اندازی که توسط دانشگاه صورت می‌گیرد، اعتبارات این واحد از قراردادها و ارائه خدمات خود تأمین می‌گردد و پس از اتمام دوران راه اندازی، در صورت استفاده از امکانات دانشگاه هزینه آن را می‌پردازند و بالا سری قراردادها را نیز به دانشگاه می‌پردازد. واحدهای پژوهشی نوع 2 به علت وجود تقاضا در موضوع فعالیت عمدتاً متکی به قرارداد عمل می‌کنند و لذا هیچگاه ردیف اعتباری نخواهند داشت هر چند دانشگاه در راه اندازی واحد پژوهشی کمک خواهد کرد. میزان پرداختها به اعضاء در واحد پژوهشی نوع 2 باید به اندازه‌ای باشد که برای اعضاء هیئت علمی دانشگاه در مقایسه با شرکتهای خصوصی و مراکز پژوهشی غیر دانشگاهی جاذبه داشته باشد. بعد از اتمام مرحله راه اندازی، پس از پرداخت بالا سری دانشگاه و صرف هزینه‌های مربوط به آن واحد پژوهشی، از ما بقی دریافتی‌های قرارداد منعقده می‌توان با روش مورد نظر آن واحد پژوهشی در پرداخت‌های اعضاء هیئت علمی واحد پژوهشی استفاده کرد و نیز بالا سری زیاد دانشگاه بدون همکاری‌های لازم در مرحله راه اندازی، مخالفت فلسفه ایجاد این نوع از واحدهای پژوهشی است. پژوهشکده‌ها از دل دانشکده‌ها و دانشگاه پس از فعالیت چندین ساله در قالب هسته، قطب، مرکز و در نهایت پژوهشکده با اهداف ویژه رشد می‌کند و به عرصه ظهور (اخذ موافقت اصولی) می‌رسد. البته بسته به اینکه پژوهشکده نوع اول، دوم، یا سوم باشد، مأموریت و ساختار سازمانی آن از قبیل تأمین منابع مالی، استخدام اعضاء هیئت علمی و پذیرش دانشجو متفاوت می‌باشد. پژوهشکده‌ها می‌توانند غیردولتی و مستقل باشند و هم‌اکنون بیش از دویست مؤسسه پژوهشی غیردولتی از وزارت علوم مجوز دریافت کرده‌اند.
در اینجا برای بهتر متوجه شدن، به بررسی پژوهشکده گیاهان دارویی و اهداف و عملکرد این پژوهشکده می پردازیم .
پژوهشکده گیاهان دارویی جهاددانشگاهی به عنوان مرکز تحقیقات گیاهان دارویی کشور و منطقه، در مهرماه 1377تأسیس گردید و در سال 1380 به عنوان مرکز تحقیقات گیاهان دارویی جهاددانشگاهی مورد تصویب شورای گسترش دانشگاه های علوم پزشکی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی قرار گرفت. در حال حاضر این پژوهشکده با بهره گیری از حضور بیش از 50 عضو هیأت علمی و محقق در قالب چهارگروه پژوهشی , آموزشی و پوشش همه زمینه های تحقیقات کاربردی گیاهان دارویی و داروهای طبیعی و سه مرکز خدمات تخصصی در زمینه های آنالیز، فرمولاسیون، تولید نهال، بذر و فرآورده های دارویی گیاهی و گیاهان دارویی , و مرکز رشد فعالیت دارد.
گروه های پژوهشی و مراکز خدمات تخصصی پژوهشکده گیاهان دارویی:
1-گروه پژوهشی فارماکولوژی* وطب کاربردی:
- پژوهش در راستای شناسایی اثرات درمانی داروهای گیاهی و بومی سازی تولید موارد تایید شده.
- پژوهش در راستای شناسایی اثرات درمانی پروبیوتیکی، و بومی سازی تولید موارد تایید شده.
- پژوهش در راستای شناسایی اثرات درمانی داروهای مکمل و بومی سازی تولید موارد تایید شده.
2-گروه پژوهشی فارماکوگنوزی وداروسازی:
- مطالعه روش‌های استخراج، خالص‌سازی و بهینه‌سازی تولید ترکیبات گیاهان و بررسی اثرات بیولوژیک آنها.
- شناسایی، استانداردسازی و فرمولاسیون فرآورده‌های طبیعی بر پایه مستندات طب سنتی و مدرن.
- تولید نیمه صنعتی ترکیبات طبیعی و نیمه سنتتیک.
- بررسی اثرات بیولوِژیک گیاهان دارویی.
- بررسی اثرات ضدمیکروبی گیاهان دارویی.
- کنترل میکروبی فرآورده‌های دارویی.
گروه پژوهشی کشت و توسعه گیاهان دارویی:
- جمع آوری و شناسایی انواع گونه های گیاهان دارویی ایران با ارایه شناسنامه کددار.
- جمع آوری، شناسایی و ارزیابی توده های گیاهان دارویی از مناطق مختلف.
- ارائه روش نوین بهینه سازی و به زراعی گیاهان دارویی.
- توسعه و ایجاد پایگاه اطلاعاتی و دادهای هرباریوم* گیاهان دارویی کشور.
- تولید بذرهای معتبر گیاهان دارویی با ارایه شناسنامه کددار.
3-گروه پژوهشی بیوتکنولوژی گیاهان دارویی:
- استفاده از روش‌های مختلف کشت بافت جهت حفظ و نگهداری ژرم پلاسم گیاهان دارویی، کاربرد در انتقال ژن، تولید متابولیت، باززائی مستقیم، تکثیر درون شیشه‌ای و ...
- ریزازدیادی و تکثیر گیاهان دارویی ارزشمند و مهم.
- تولید متابولیتهای ثانویه ارزشمند و مهم با استفاده از کشت سوسپانسیون، کشت ریشه‌های موئین، بیوراکتورها.
- شناسایی و بررسی تنوع ژنتیکی و ملکولی گونه‌های گیاهان دارویی ایران با استفاده از نشانگرهای مولکولی جهت شناسایی، تفکیک مولکولی و ارزیابی توانمندی ژنتیکی آنها برای استفاده در برنامه‌های اصلاحی.
- بررسی تنوع سیتوژنتیکی توده‌های مختلف گیاهان دارویی کشور جهت شناسایی و طبقه بندی و تولید گیاهان با سطح پلوئیدی بالاتر بمنظور افزایش میزان ماده موثره.
- استفاده از تکنیکهای مختلف انتقال ژن و ایجاد گیاهان تراریخت به منظور افزایش متابولیتهای ثانویه، تولید متابولیتهای خاص و ایجاد مقاومتهای زیستی و غیرزیستی در گیاهان دارویی.
- استفاده از میکروارگانیسم‌های مفید جهت افزایش تولید متابولیتهای ثانویه با ارزش دارویی، تشکیل پژوهشکده بیوتکنولوژی گیاهان دارویی کشور.
- ایجاد دوره تحصیلات تکمیلی کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی گیاهان دارویی.
- استفاده از تکنیکهای مختلف افزایش بیان ژن، کاهش بیان ژن، خاموشی ژن و ... جهت تولید متابولیتهای خاص تولید انبوه مواد خاص درون گیاهان تراریخت جهت موارد خاص دارو و درمان(Molecular farming).
*هرباریوم مجموعه‌ای از گیاهان خشک و حفظ شده و اطلاعات مربوط به آنها است که برای مطالعات علمی استفاده می‌شود. این اصطلاح را می‌توان در مورد ساختمان یا اتاقی که مجموعه در آن نگهداری می‌شود یا موسسه‌ای که نه تنها از آنها نگهداری می‌کند بلکه از آنها استفاده هم می‌کند، به‌کار برد.
*فارماکولوژی یا داروشناسی